Ficam sujeitos a superintendência conjunta, nomeadamente:
a) O Instituto Hidrográfico, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro de Estado e da Defesa Nacional e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
b) O Instituto Nacional de Engenharia, Tecnologia e Inovação, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Economia e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
c) O Instituto Nacional da Propriedade Industrial, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Economia e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro Adjunto do Primeiro-Ministro;
d) O Instituto Nacional de Investigação Agrária e das Pescas, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Agricultura, Desenvolvimento Rural e Pescas e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
e) O Laboratório Nacional de Investigação Veterinária, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Agricultura, Desenvolvimento Rural e Pescas e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
f) A Agência Nacional para os Programas Comunitários, Sócrates e Leonardo da Vinci, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Educação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Segurança Social e do Trabalho e, quanto ao Programa ERASMUS, com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
g) O Conselho Nacional de Educação, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Educação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
h) O Instituto Tecnológico e Nuclear, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Ciência e do Ensino Superior e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Economia;
i) O Instituto de Genética Médica Doutor Jacinto de Magalhães, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Saúde e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
j) O Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Saúde e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior;
l) A Comissão para a Igualdade no Trabalho e Emprego, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Presidência;
m) A Comissão Nacional de Protecção das Crianças e Jovens em Risco, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Justiça;
n) O Instituto do Emprego e Formação Profissional, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Educação;
o) O Instituto para a Inovação na Formação, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Educação;
p) A Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro da Segurança Social e do Trabalho e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Saúde;
q) O Laboratório Nacional de Engenharia Civil, cabendo a tutela funcional e patrimonial ao Ministro das Obras Públicas, Transportes e Habitação e sendo a determinação das linhas de orientação e dos domínios prioritários da sua actuação exercida em articulação com o Ministro da Ciência e do Ensino Superior.